Günter Fruhtrunk nasce a Monaco nel 1923.
Tra il 1940 e il 1941 studia architettura alla Technischen Hochschule di Monaco, per poi interrompere gli studi per entrare come volontario nell'esercito. Durante il periodo della guerra inizia a disegnare e a realizzare acquerelli, probabilmente nel tentativo di mitigare le tensioni interiori dovute al conflitto. Nel 1945 decide di rinunciare agli studi di architettura, si trasferisce a Neufrach e diventa allievo di William Straube, a sua volta allievo di Hölzel e Matisse, con il quale studia pittura fino al 1950. Realizza la sua prima mostra personale alla Galerie Der Kunstspiegel di Friburgo nel 1947. L'anno successivo incontra Willi Baumeister mentre nel 1949 Julius Bissier.
Nel 1954, dopo aver ricevuto la borsa di studio del Landes Baden-Württemberg e del Governo Francese, si trasferisce a Parigi e nel 1955 è a lavorare negli atelier di Hans Arp e di Fernand Léger. Partecipa alla collettiva “Peintures et Scultures non figurative en Alemagne d'aujourd'hui” al Cercle Volnay di Parigi. Tra il 1955 e il 1961 e il 1965 e il 1969 partecipa regolarmente alle varie esposizioni dei Salons des Réalité Nouvelles. Partecipa nel 1956 alla mostra “50 Jahre abstrakte Malerei” alla Galerie Kreuze di Parigi. Nel 1957 partecipa al Salon des Comparaisons di Parigi. Nel 1960 tiene una mostra personale alla Galerie Denise René di Parigi. Nel 1960 partecipa alla grande mostra “Konstruktive abstrakte Malerei von Malevič bis Morgen”, itinerante tra New York, Chicago e San Francisco. Nel 1961 vince il Premio “Jean Arp” del Kulturkreis des Bundesverbandes der Deutschen Industrie di Colonia. Nel 1962, nel 1964 e nel 1966 tiene alcune personali alla Galleria del Grattacielo di Milano, mentre nel 1963 e nel 1965 realizza altre due personali alla Galerie Charles Garibaldi di Marsiglia.
Nel 1963 il Museum am Ostwall di Dortmund realizza una mostra personale di Fruhtrunk. Altre importanti mostre incentrate sulla grafica costruttivista, sullo strutturalismo e sulle sperimentazioni dell'arte cinetica alle quali Fruhtrunk è invitato a partecipare si susseguono in musei e gallerie private nell'arco di tutti gli anni sessanta, e soprattutto in Germania, nel nord Europa, in Francia e in alcuni casi anche negli Stati Uniti. Nel 1965 esegue un gigantesco rilievo in calcestruzzo per la città di Leverkusen (11x5,5 mt). Lo stesso anno realizza una personale alla Galerie Der Spiegel di Colonia.
Nel 1966 vince la medaglia d'argento del “Prix d'Europe” di Ostenda e tiene una personale allo Studio UND di Monaco. Nel 1967 ottiene una cattedra all'Accademia di Belle Arti di Monaco, partecipa al Salon de Mai di Parigi, e realizza alcune personali a Vienna, Innsbruck e Francoforte. Nel 1968 e nel 1969 partecipa al Salon des Comparaisons e al Salon Grands et Jeunes di Parigi. Lo stesso anno vince il secondo Premio di Pittura “Burda” del Grosse Kunstausstellung di Monaco. Nel 1969 esegue un grande mosaico sulle quattro facciate dell'Auditorium Maximum della Scuola Superiore di Ingegneria a Düsseldorf (ciascuna facciata misura 7x30 mt) e tiene alcune mostre personali alla Kestner-Gesellschaft di Hannover, alla Overbeck-Gesellshaft di Lubecca e alla Kunsthalle di Mannheim. Nel 1970 si tiene una personale al Musée d'Art Moderne de la Ville de Paris, una personale alle gallerie Denise René di Parigi e Hans Mayer di Krefeld e in varie altre gallerie a Saarbrücken, Venezia, Rotterdam e Rapperswil.
La prima personale alla Galleria Lorenzelli di Bergamo si tiene nel febbraio 1971, a cui successivamente seguono le personali tenutesi nella sede di Milano nel 1973, 1975 e 1989. Lo stesso anno si tengono personali alla Städtische Galerie im Lenbachhaus di Monaco, alla Badischer Kunstverein di Karlsruhe e al Museum Bochum. Nel 1974 una nuova personale è tenuta presso la Galerie Denise René di Parigi, mentre nel 1976 una nuova personale si tiene alla Galerie Der Spiegel di Colonia. Nel 1977 Fruhtrunk è invitato a partecipare a “Europalia” che si tiene a Bruxelles, mentre una personale si tiene al Museum Quadrat di Bottrop, e altre personali si tengono in altre gallerie private tedesche.
Günter Fruhtrunk muore suicida nel suo studio della Munich Kunstakademie il 12 dicembre 1982.
Dall'anno della morte dell'artista ad oggi sono state organizzate numerose mostre allestite nei più importanti musei e gallerie d'arte d'Europa e del mondo.
Opere di Günter Fruhtrunk sono presenti nei più importanti musei e collezioni pubbliche del mondo, tra cui: Pinakothek et Galerie du XX Siècle, Städtische Galerie im Lenbachhaus & Kunstbau, Muenchen; Neues Museum – Staatliches Museum für Kunst und Design, Nürnberg; Studio A Museum Gegenstandsfreier Kunst, Ottendorf; Museum im Kulturspeicher, Würzburg; DaimlerChrysler Contemporary e Neue Nationalgalerie, Berlino; Musée d'Ixelles – Museum van Elsene, Bruxelles; Museum Bochum, Bochum; Kunsthalle zu Kiel der Christian-Albrechts-Universität, Kiel; Museum Abteiberg, Mönchengladbach; C.N.A.C., Parigi, Knox Art Gallery, Buffalo e in vari altri musei nelle città di Marsiglia, Locarno, Legnano, Colonia, Krefeld, Leverkusen, Münster, Grenoble, Wolfsburg e Montreal.